26 Şubat 2014

Kontrolsüz deney, deney değildir

Başbakan Erdoğan'ın oğluyla konuşmasını gösterdiği iddia edilen kaydın gerçek olup olmadığı konusunda çeşitli açıklamalar var. Bunlardan biri, bu konuda araştırma yaptığını anladığımız .

Kitapçı, bu yeni kayıtlarda Tayyip Erdoğan'ın sesi olarak beliren sinyallerden bir kelimeyi, Youtube'dan bulduğu diğer Tayyip Erdoğan kayıtlarındaki aynı kelime ile mukayese etmiş. Bunu da sayısal ortamda, yazılım ile yapmış. Bu mantıklı, fakat eksik.

Ya o kelime, kimin tarafından söylenirse söylensin, yazılımda aşağı yukarı aynı sonucu veriyorsa? Kitapçı kendi tecrübelerine göre bunun böyle olmadığını söyleyebilir, ama biz bilmiyoruz. Deneye bakarak görmemiz gerekli.

Burada devreye negatif kontrol kavramı giriyor. Eğer Kitapçı, aynı kelimenin başka birinin sesinden (mesela Kılıçdaroğlu) analizini deneyine ekleseydi, ve bu analiz halihazırda gösterdiği iki analizden farklı olsaydı, sunduğu delil gerçekten çok daha güçlü, inandırıcı olurdu. Çünkü o zaman yaptığı analizin farklı kişilerin konuşmalarını güvenle ayırt edebildiğini anlamış olurduk.

Dikkat ediniz: Bu, konuşmalar Tayyip Erdoğan'a ve oğluna ait değil demek değil. Sadece bu analiz buna güçlü bir delil oluşturmuyor demek.

Dolayısıyla kontrolsüz deney, iyi bir kanıt teşkil etmez. İnandırıcılığı zayıftır, zira makul şüpheye yer bırakmıştır.

Ben olsaydım en az 3 negatif kontrol eklerdim. Ayrıca Erdoğan'ın Youtube kayıtlarından da birkaç örnek daha bulur ve sınardım ki deneyin istikrarlı şekilde aynı sonucu verdiğini göreyim, göstereyim.

Bu kontroller konusunu daha önceki bir kendi örneklerimle işlemiştim, oradan aktarıyorum:


Bilimde kontrollerin önemini kendi deneylerimden biriyle size anlatayım. Bu deneyde elimdeki sineklerde Gal80 isimli gen var mı, yok mu diye araştırıyordum. Bunun için her örnekten ayrı ayrı DNA çıkardım ve bunlardaki Gal80 genini çoğaltan bir “polimeraz zincir tepkimesi” (PCR) uyguladım. Böylece bu DNA’larda bu gen varsa, benim tetkik edebileceğim bir miktara geldi. Yukarıdaki her bir sütundaki 2 banttan üstteki, Gal80 genini temsil ediyor. Alttaki bantlar ise 16s genini: Bu genin her sirke sineği DNA’sında bulunması gerekir, eğer bir sütünda alttaki bu bandı göremiyorsam, o örnekten DNA çıkaramamışım demektir.

Meselâ soldan ilk sütuna DNA yerine sadece su koymuştum, ve hiçbir şey çıkmadı. Bu iyi, çünkü burada bir şey çıksaydı elimdeki çözeltilerden birine yanlışlıkla DNA karışmış demek olacaktı. İkinci sütuna (w1118) ise Gal80 geni taşımadığını önceden bildiğim bir miktar DNA koymuştum. PCR sonunda, 16s bandını gördüm, ama Gal80 bandını görmedim. Yani DNA var ama Gal80 yok. Bu da iyi, beklediğim gibi. Soldan üçüncü sütunda (tubP-Gal80ts) ise Gal80 içerdiğini önceden bildiğim bir miktar DNA’yı sınadım. Bu sefer her iki bandı da gördüm, yani Gal80 var, eh, mecburen DNA da var.

Yani kontrol örneklerim bana gösterdi ki deneyim doğru düzgün işlemiş, Gal80 varsa Gal80 bandını görüyorum, yoksa da görmüyorum. Aynısı 16s için de geçerli. Artık örneklerime güvenle bakabilirim: Sağdaki 5 sütuna göre, örneklerimin hepsinden DNA çıkarmayı başarmışım, ama bunları ilk üçünde Gal80 varmış, kalan ikisinde yokmuş.

Bilim insanları her deneylerine böyle kontroller uygular. Bir deneyde kontroller yoksa onun düzgün işlediğinden emin olamazsınız.

3 Şubat 2014

Güvenilir ve sonuna kadar açık erişim

Geçen ay Açık Bilim'de açık erişimli dergilerin güvenilirliği konusunu ele almıştım. Birçok haber sitesi, Science dergisinde yayınlanan operasyonun sonucunu açık erişimli dergilerin güvenilmez olduğu şeklinde duyurmuştu. Maalesef iş yükü nedeniyle işin doğrusunu ancak bir-iki ay sonrasında yazabildim, ama yazdım ().

Geleneksel akademik yayıncılıkta olduğu gibi açık erişimli yayıncılıkta da ne bulursa yayınlayanlar var, çünkü para peşin olduğundan bu piyasa sahteciler için iştah kabartıcı. Science muhabiri John Bohannon'un yaptığı bunları ayıklamak oldu.  Ne yayınladığına önem veren, yani hakem sistemini hakkıyla işleten dergiler ve yayıncıları kendileri kanıtladı. Zaten mühim olan bunlar.

Bu ayki Açık Bilim'de ise açık erişim konusuna devam ediyorum. Araştırmaların yöntemlerinin ve analizlerinin yalnızca bir özetinden ibaret olan makaleler kadar, elde edilen tüm verilerin, elde edildiği şekliyle herkese açılmasının faydalarından bahsediyorum ().

Ben bundan sonra böyle yapmaya çalışacağım, umarım yaygınlık kazanır!