Yalansavar’ın iç yazışmalarını ifşa ediyorum

Çağrı: Arkadaşlar, birisi bizim makaleye Youtube videosu hazırlamış, ilginizi çekebilir 🙂 Gayet de güzel anlatmışlar:

Tevfik: “Çağrı ne iş yapar anlayanınız var mı” sorusuna yanıt oldu :)))

Serdar: Süper olmuş ya…

Kerem: Ben gene anlamadım.

Cüneyt: Olmamış! Videoda kullanılan sinek meyve sineği değil, hele sizin Drosophila hiç değil. Onun haricinde video çok güzel anlatmış, ben bile anladım.

Işıl: Video süper, sinek resmi hariç!

Çağrı: Cüneyt senden de kaçmıyor hani. “Bizim Drosophila” yani D. melanogaster değil ama Drosophilalardan biri gibi.

Drosophila cinsini ikiye ayırmak niyetleri vardı bir ara, ama ayırırlarsa ilk gidecek olanı, en klasik üyesi olan D. melanogaster olacak. Yani en iyi bilinen Drosophila, aslında en atipik Drosophila.

Cüneyt: Ha evet diğer meyve​ ​sineklerini biliyorum. Belediye bizim limon ağacına sinek tuzağı kuruyor her sene. Bir seferinde ekibin scientist’i ile konuşmuştum, bana ​katalogdan ​aradıkları meyve sinekleri göstermişti:​ ​D. melanogaster ile alakaları yok hakkaten.​ ​Sonra biraz bakmıştım bug guide’dan.

Videoda kullandıkları ​fotoğraf ​ev sineği (Muscidae ailesi) gibi geldi bana ama tabii ne ​fotoğrafı olduğu işin gırgır kısmı 🙂 Video süper, yapılan iş daha da süper. Dendrit içindeki mikrotübülü kontrol eden proteini falan nasıl buluyorsunuz birader yahu? Manyak mısınız? Aklım almıyor​.

Çağrı: Retorik soru değilse kısaca açıklayayım 🙂 Bkz ekteki slaytlar.

image

Önceden bildiklerimiz. abrupt mutantına bakarsan hücreler daha karmaşık oluyor, abrupt mutantına kendin Abrupt proteinini eklersen eski haline dönüyor. Demek ki abrupt’ın burada rolü var. Soldaki çerçevede tüm hayvan mutant, sağdaki çerçevede yalnızca gördüğün hücre mutant (MARCM; mozaik analiz).

image

Genetik yöntemle tüm nöronlara zorla Abrupt (ve yeşil parıldayan protein) ürettirdik, sonra o yeşil nöronları izole ettik ve hangi genlerin (kontrollere göre) daha çok kullanıldığına baktık. Mikrotübüllerle ilgili bir protein olan Sentrozomin (cnn) bir numaralı aday oldu. Aday diyorum çünkü bu tür taramalarda çok sayıda hatalı pozitif çıkar, o yüzden özel olarak o sonuçları sınamak gerekir.

image

Cnn mutantlarına baktık, onlarda da dendrit artışı çıktı. Sağda sayıları görüyorsunuz. Bir de tabii abrupt gerçekten de cnn’i etkiliyor mu diye 2. bir deney yaptık. abrupt mutantlarında, beklediğimiz gibi dendrit sayısında artış oldu. Ama abrupt mutantlarına bir de Cnn eklediğimizde artış daha az oldu. Bu da cnn’in abrupt’ın kontrolünde olduğu görüşümüzü çok güçlendirdi.

Cüneyt: O kısmını kısmen anlıyorum, eminim birçok kıl tüy detayı vardır ama neticede kontrollü deney, neden-sonuç ilişkisi kurmak için yeterli.

Asıl hayret ettiğim kısım altındaki mekanizmayı nasıl çözüyorsunuz kısmı. Cnn Golgi aygıtına bağlanıyor da bu bağlantı noktaları mikrotübüllleri bir arada tutuyor kısmı. Molekül seviyesindeki mekanizmaları nasıl inceliyorsunuz/çözüyorsunuz? Elektron mikroskobu ya da üstün çözünürlüklü mikroskopi ile mi incelenip içeride neler olup bittiği anlaşılıyor?

Çağrı: Birkaç ayrı yöntemle belirleniyor onlar.

Birincisi Cnn’in Golgi aygıtındaki bir proteine bağlandığını önceden biliyorduk. Çünkü o iki protein sentrozomda da var, daha önce o iki proteinin birbirine bağlanabildiğini göstermişlerdi. Ayrıca dendritlerde Golgi olduğunu da birkaç sene önce bulmuşlardı. Hipotez buradan çıktı.

Öncelikle Cnn’e yeşil, Golgi proteinlerinden birine de kırmızı parıldayan protein taktık ve bunların dendritte komşuluğunu gösterdik (Makalede Şekil 4A-H).

Sonra yalnızca mikrotübüllerin ucunda bulunan bir proteine yeşil parıldayan protein ekledik. Buna baktığın zaman mikrotübülün polimerizasyonunu görüntüleyebiliyorsun. Normal hayvanlarda ve Cnn mutantlarında bunların yolunu, yönünü ve hızını mukayese ederek Cnn’in bunu nasıl etkilediğini bulduk. (Makalede Şekil 3F-G ve Video 1).

Cüneyt: Anladım, süper!

Kafama takılan son soru: preteinleri tag’lemek için onlara fluoresan başka protein ekliyorsunuz anladığım. Bu eklenen proteinin sistemin çalışmasını değiştirmediğine (observer effect) nasıl emin oluyorsunuz? Yani mikrotübül’un ucuna dışarıdan protein iliştirince o mikrotübül’un ucunun biyokimyasal davranışı değilşmiyor mu?

Çağrı: Güzel soru. Emin olamıyoruz, çünkü birçok zaman elimizdeki tek yöntem o oluyor ve bir altın standart ile mukayese edemiyoruz. Ama mümkün olduğunca iyi kontroller kullanmaya ve dolaylı da olsa birtakım sınamalar yapmaya çalışıyoruz.

Mesela:

Sentrozomini yeşil fluoresan proteine bağladık (Cnn::GFP) ki Cnn’in hücrede nereye yerleştiğini görelim, ama hayvanın kendi genomundakini değil (CRISPR çıkmadan oluyor bunlar, yani daha zordu o zaman), dışarıdan ekledik. Yani sineğin bir kendi kontrolündeki kendi Cnn geni oldu, bir de bizim kontrolümüzdeki GFP::Cnn’i. Bu ikincisi yalnızca nöronlarda etkin olacaktı.

Ama diyelim ki bu nöronlarda aslında hiç Cnn olmasın. Biz genetik yoldan etkinleştirdiğimiz için şimdi mecburen olacak, yani gerçek durumu göstermeyecek. Veya Cnn::GFP, normal Cnn geninden çok daha fazla etkinse, sinyal gerçekteki Cnn seviyesini yansıtmayabilecek. Vs. Vs. Onun için bu nöronları Cnn antikorlarıyla boyamaya çalıştım 2 yıl boyunca, ama başaramadım. Bu boyamayı gösteremeyince hakemler tabii itiraz etti. Ama biri bir çözüm önerdi: Bu Cnn::GFP’yi, cnn mutantlarında ifade edin, eğer cnn mutasyonunun fenotipini azaltırsa aynı işlevi görüğüne biraz ikna olurum dedi. Dediğini yaptık ve hakikaten de öyle çıktı, 3 hakem de bunu kabul etti.

Cüneyt: Teşekkürler Çağrı gayet açıklayıcı oldu. Kafamdaki büyük soru işaretleri gitti (yerine daha çok sayıda küçükleri geldi hehe). Çok ilginç ve 
güzel şeyler yapıyorsunuz. Ellerinize, beyninize sağlık. Yeniden kutluyorum.

Aysu: Cüneyt senden iyi bilimci olurmuş 🙂

Zaten bu tür endişeler yüzünden genelde bir deney birkaç farklı teknik ile 
yapılıyor. Birinin yan etkilerini elimine etmek için aynı fenomeni 
farklı farklı şekillerde gözlemlemen gerekiyor.

Sinek sahalarında çok fazla oturmuş teknik olduğu için sinek hakemleri aynı 
şeyin 100 bin farklı şekilde yapılmasını isterler, o yüzden at ve deve 
embriyolarıyla çalışmayı daha çok seviyorum 🙂

Serdar: Şu muhabbet süper oldu arkadaşlar. Çağrı bunu Tumblr’a falan koysan ya… Kaybolmasın. Sorular müthiş, cevaplar çok açıklayıcı!

Bir Cevap Yazın

Aşağıya bilgilerinizi girin veya oturum açmak için bir simgeye tıklayın:

WordPress.com Logosu

WordPress.com hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Google fotoğrafı

Google hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Twitter resmi

Twitter hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Facebook fotoğrafı

Facebook hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap /  Değiştir )

Connecting to %s

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.